骨芽細胞は骨基質をつくります。分化がすすむと、そのまま自分の作った基質のなかに埋って骨細胞になります。骨芽細胞はまず、コラーゲンなどの基質タンパク質を分泌し、さらにそこにMatrix Vesicleと呼ばれる小胞を埋め込みます。この小胞の中でリン酸カルシウムの結晶が成長して、骨の基質が完成します。
女性の閉経後骨粗鬆症の最大要因である女性ホルモンの受容体は骨芽細胞に存在します．しかし，女性ホルモンの骨芽細胞への作用には不明な点が多く，なぜ女性ホルモンが欠乏すると骨粗鬆症になるのか，詳しいことはわかっていません．骨芽細胞と破骨細胞の活性のバランスを取るメカニズムがどこかに存在するはずです。
最近では、血液を作る造血幹細胞が、骨芽細胞系の細胞とくっついて維持されているという説が出ており、骨を作るだけでなく、体中の血液を作り出す源ととしての役割も注目されています。